В последнее время возникла необходимость выставлять счета с сайта, поскольку от клиентов приходят такие запросы. Как это сделать?

Это решается очень просто - нужно интегрировать сайт с CRM. Но, видимо, у Вас ее попросту нет, иначе такие вопросы не возникали бы.

А почему нельзя формировать счета на оплату в той программе, в которой Ваша компания работает? Многие так и делают. Или у Вас маленькая фирма, где все делается чуть ли не на коленке? Тогда вот тут почитайте, как можно выставлять счета онлайн https://roskassa.net/app-software/ Возможно, это как раз тот вариант, который в Вашей ситуации подойдет лучше всего.